L'Ufficio Protocollo riceve tutti gli atti indirizzati al Comune, vi appone il timbro datario di arrivo e vi assegna un numero ottenuto dalla registrazione a Protocollo. La corrispondenza in entrata viene quindi trasmessa per l'esame al Sindaco, che, dopo averla vistata, la restituisce all'ufficio affinchè possa essere smistata ai competenti uffici per l'evasione.
Anche tutti i documenti in uscita devono essere registrati mediante l'assegnazione del numero di protocollo.
Non si può dar corso agli atti che non siano stati precedentemente registrati a Protocollo o che non riportino l'apposito timbro di arrivo.
La classificazione degli atti avviene secondo le indicazioni della Circolare del Ministero dell'Interno - Direzione Generale dell'Amministrazione Civile - del 1° marzo 1987, n. 17100, secondo la quale gli atti devono essere classificati in categorie (n. 15), classi (materia specifica) e fascicoli (materia particolare) a seconda dell'oggetto e della natura.
Questo ufficio si occupa inoltre dell'archiviazione, nell'archivio corrente, dei documenti cui è stata data l'evasione, della raccolta e conservazione dei numeri della Gazzetta Ufficiale della Repubblica Italiana e del Bollettino Ufficiale della Regione, dopo che il Segretario Comunale ha provveduto alla loro lettura ed eventuale smistamento presso Uffici interessati.